中科大硕士和北大硕士在学位上是同等的，都具有硕士的学历和学位，在社会上的使用是同等次的，不存在高低之分。但在人们的印象中，可能北大的教育环境，教育水平等方面比较优越一些，因此有些人认为北大的硕士要比中科大的硕士层次要高一些，而实际上则不相上下，重点在于个人的努力，不在于大学的名称。
因此，中科大硕士和北大硕士本质上没有什么差别